L'Hospital Universitari i Politècnic La Fe es consolida com a referent en qualitat assistencial i gestió sanitària en comptar amb 60 certificacions atorgades per organismes nacionals i internacionals. Estes acreditacions avalen l'excel·lència dels seus processos clínics, diagnòstics, mediambientals i de seguretat del pacient.

Entre les certificacions més destacades figuren 16 acreditacions internacionals ISO 9001:2015, que reconeixen la qualitat en la gestió de serveis sanitaris. A més, La Fe compta amb la ISO 14001:2015, que certifica el seu compromís amb la gestió mediambiental, i la ISO 15189, aplicada a laboratoris clínics, que garanteix la competència tècnica i la fiabilitat dels resultats. En l'àmbit alimentari, l'hospital té la ISO 22000, que assegura la innocuïtat en la cadena alimentària hospitalària. 

A nivell nacional, destaquen les certificacions UNE 179003:2013, centrades en la gestió de riscos per a la seguretat del pacient, i la UNE 179007, que acredita la qualitat en unitats de cures intensives.

A nivell europeu, l'hospital compta amb acreditacions de la European Society for Blood and Marrow Transplantation i la European Society of Gynaecological Oncology, que avalen la qualitat en trasplantaments hematopoètics i oncologia ginecològica, respectivament.

La Fe també ha estat reconeguda per societats científiques espanyoles com l'Associació Espanyola de Cirurgies, la Societat Espanyola de Cardiologia, la Societat Espanyola de Medicina d'Urgències i Emergències, la Societat Espanyola de Senologia i Patologia Mamària, la Societat Espanyola de Pneumologia i Cirurgia Toràcica i la Societat Espanyola de Medicina Interna, amb un total de 13 certificacions d'organitzacions nacionals.

A més, l'Hospital La Fe participa en 14 programes de control de qualitat externs, i ha obtingut la prestigiosa acreditació ONT-JACIE-CAT per a trasplantament hematopoètic en adults i infància, una de les més exigents a Europa.

Estes certificacions, en paraules del gerent de l'Agrupació Sanitària Interdepartamental València Sud i La Fe, José Luis Poveda, "evidencien el compromís del nostre hospital amb la millora contínua, la seguretat del pacient i l'excel·lència clínica, al mateix temps que el posicionen com un dels centres sanitaris més avançats".